MTsN 42 Jakarta dibangun tahun 2008 oleh Kantor Wilayah Kementerian Agama Prov. DKI  Jakarta. Gedung tersebut diperuntukkan sebagai gedung filial/kelas jauh MTsN 21 Jakarta. 

Pada tanggal 13 Oktober 2009 status filial/kelas jauh berubah RESMI menjadi MTsN 42 Jakarta. Sejak alih fungsi dari Kelas Jauh MTsN 21 Jakarta menjadi MTsN 42 Jakarta dari tahun 2009 sampai sekarang telah terjadi 5 kali pergantian kepala madrasah, yaitu Dra. Mulyaningsih, M.Pd. (2010-2011), Drs. H. Bisri, M.A. (2011-2015), Drs. Sutriyanto (2015-2022), Dra. Hj. Nining Sumarni (2022-1 Juli 2024), dan Sobari, S.Pd. (1 Juli 2024 s.d. Sekarang)